バニラエアは、2016年冬期スケジュール(2016年10月30日から2017年3月25日)の搭乗分で支払手数料(1人1区間)を500円→600円へと値上げすることを発表。値上げの理由は特に明らかにされていない。
■バニラエア：支払手数料を1区間600円に値上げ
掲載元：各種料金・手数料、空港使用料 | バニラエア Vanilla Air – 国内 海外 レジャー･リゾート路線のLCC 格安航空券の検索･予約
バニラエアの支払手数料は就航以来一貫して値上がりを続けている。バニラエアは、2014ン冬期スケジュール(2014年10月下旬)より以前は支払手数料が1人1区間あたり200円に設定していたため、支払手数料は直近二年間で3倍に値上げされている計算となる。
例えばバニラエアの航空券を往復で購入した場合、支払手数料だけで1人あたり往復1,200円が必要となる。支払手数料が値上げされたことで搭乗者が直接的に得られるメリットは特に無い上に、セール開催時の広告にも支払手数料や空港使用料などは含まれず、旅客からすると「見えにくいコスト」がひっそりと値上がりを続けているのは個人的に心象が悪い。