バニラエアは、2018年3月に明らかにしていた通り、Peachとの統合を2019年に本格化する。
2019年5月から、バニラエアとして運航している路線を徐々にPeachへ移管、一部路線は廃止される。廃止対象となるのは、成田-函館、成田-香港、那覇-石垣の3路線。廃止対象路線のうち、成田-函館については正式に発表される前、廃止される可能性が高いという報道がされていた（関連エントリ）
バニラエアのお知らせは以下にて。
Peachとバニラエアの統合に伴う バニラエア便の運航ならびに路線の移管について | バニラエア Vanilla Air
Peach Aviation株式会社（以下：Peach）ならびに、バニラ・エア株式会社（以下：バニラエア）は、本日、両社の統合に伴う、バニラエアの運航ならびにPeachへの路線移管などについて次の通り発表しました
バニラエア→Peach統合後の路線統廃合
| 路線 |
バニラエアの 運航終了日 |
Peach統合後の対応 |
|---|---|---|
| 大阪（関西）-台北（桃園） | 5月7日 | Peachで増便：6月29日から |
| 東京（成田）-沖縄（那覇） | 5月31日 | Peachで増便：6月1日から |
| 沖縄（那覇）-台北（桃園） | 5月31日 | Peachで増便：6月28日から |
| 東京（成田）-札幌（新千歳） | 8月31日 | Peachで増便：9月1日 |
| 東京（成田）-奄美大島 | 8月31日 | Peachで増便：10月1日から |
| 大阪（関西）-奄美大島 | 5月6日 | 2019年冬ダイヤでPeach便とし就航予定 |
| 東京（成田）-高雄 | 9月30日 | 2019年冬ダイヤでPeach便とし就航予定 |
| 東京（成田）-石垣 | 9月30日 | 2019年冬ダイヤでPeach便とし就航予定 |
| 東京（成田）-台北（桃園） | 10月26日 | 2019年冬ダイヤでPeach便とし就航予定 |
| 福岡 – 台北（桃園） | 10月26日 | 2019年冬ダイヤでPeach便とし就航予定 |
| 東京（成田）-函館 | 3月30日 | 廃止 |
| 東京（成田）-香港 | 5月31日 | 廃止 |
| 沖縄（那覇）-石垣 | 5月31日 | 廃止 |
Peachのお知らせは以下にて。
Peach とバニラエアの統合に伴う
バニラエア便の運航ならびに路線の移管について