スカイマークは、那覇 ⇔ 石垣線の就航に合わせ、羽田から那覇経由の宮古・石垣線に、那覇から4,000円で宮古・石垣に乗り継ぎできる運賃の設定を発表している。
スカイマークのプレスリリースは以下より。
2013年7月10日～7月31日期間運航ダイヤについて
新路線「那覇-石垣線」「成田-石垣線」「神戸-石垣線」
「羽田‐宮古線（乗継便）」「羽田-石垣線（乗継便）」を就航(PDF)
スカイマークの那覇 ⇔ 宮古・石垣は普通運賃で5,000円／片道に設定されているため、4,000円／片道になるのは、羽田経由の乗り継ぎで宮古・石垣へ向かう場合は通常料金よりもお得になる。
スカイマークが7月より就航する那覇 ⇔ 石垣間には、関空を拠点とするLCC、Peach(ピーチ)も9月から就航を予定しており、Peachの場合は購入期限が2日前の9時に設定されている『ハッピーピーチ』の運賃で3,290円〜、それ以降購入可能な『ハッピーピーチプラス』の場合は4,990円〜設定されており、スカイマークとの料金競争が期待できる。
Peachの運賃は以下より。
■沖縄（那覇）＝石垣（新石垣） ＊9月13日就航
【ハッピーピーチ】3,290円～14,790円（片道）
【ハッピーピーチ プラス】4,990円～18,490円（片道）