バニラエアは、2017年6月18日（日）の香港→成田（JW304便）で成田空港に着陸後、乗客を国際線バスゲートと案内するバスが誤って国内線バスゲートに到着、乗客10名が入国審査を受けずに入国するトラブルが発生したことを明らかにしている。
■バニラエア
バニラエアのWebサイトでの告知は以下にて。
ＪＷ３０４便（香港→成田） 成田空港における一部のお客様の国内線到着ロビーへの誤誘導について | バニラエア Vanilla Ai
１． 概要
2017年6月18日（日）、バニラエアJW304便（香港発成田行き、乗客168名）において、成田空港到着時のランプバスによる到着口への案内時に、全３台のうち１台が誤って国内線到着ロビーにお客様をご案内する事象が発生致しました。これにより、一部のお客様（10名）が入国手続き未了のまま入国される事態となりました。本日、本件に関しまして、国土交通省より厳重注意を受けるに至りました。
AviationWireの記事によると、誤案内（誤誘導）の理由はバス運転手による勘違いとのこと。
香港からの10人、成田で入管未通過 バニラエア、構内バス誤誘導で
増井社長によると、当該バスを運転していたのは63歳の男性運転手で、当日は国内線輸送を連続して担当。社内での聞き取り調査で運転手は「国内線と勘違いした」と話したという。東京空港交通では、国内線は「LCCドメス」、国際線は「LCCインター」と呼称し区別している。
バニラエアは、2016年4月にも国際線（強風のため目的空港以外にダイバード）の旅客を「入国審査を受けずに入国」させるトラブルがあり、国土交通省航空局長より厳重注意を受けている。バニラエアによる同様のトラブルは、約1年ぶりで2度目。
2016年4月のトラブルに関しては以下にて。
バニラエアJW104便 成田国際空港におけるお客様誤誘導について | バニラエア Vanilla Air
2016年4月17日（日）、成田国際空港周辺の悪天候(強風)により、バニラエアJW104便（台北発成田行き、乗客159名)は中部国際空港にダイバート後、成田国際空港に到着したところ、ランプ構内バスの配車及び運行を実施している委託先が当該便を国内線と誤認識したため、お客様を誤って国内線到着口へ案内する事象が発生いたしました。これにより、一部のお客様が入国手続き未了のまま入国する事態となりました。